So‘nggi Farishtani mag‘lub etgan NERV bundan-da dahshatliroq xavfga duch keladi: Gendo Ikari Uchinchi zarbaga tayyorgarlik ko‘ra boshlaganida, Seele jangarilari ularning yerosti qarorgohiga hujum qiladi. Rey Lilit bilan birlashib ketadi, Sindzi esa insoniyat o‘z mavjudligini davom ettiradimi yoki yo‘qmi, shuni hal qilishi kerak bo‘ladi.